L'Associazione si è data una struttura organizzativa per una più organica attività. Alla sede legale si è aggiunta una sede operativa che è stata tenuta aperta da volontari (soci e collaboratori della Associazione) tutti i giorni lavorativi.

L'organizzazione operativa, data la presenza nell'associazione di numerosi soci con specifica professionalità, è stata così costituita:

1) Un gruppo di volontari tecnici (architetti, medici, paramedici, insegnanti, artigiani, ecc.) con il compito di valutare la fattibilità dei programmi ed eventualmente di progettarli e seguirne la realizzazione.

2) Un gruppo di volontari con il compito di seguire in loco la realizzazione dei progetti ed aiutare il loro avvio mediante la formazione del personale locale.

3) Un gruppo di volontari con il compito di organizzare un servizio di informazione in Italia e presso gli amici all'estero sulle attività dell'Associazione. Tale gruppo organizza, inoltre, mostre, spettacoli, incontri di formazione dei giovani sui problemi dei Paesi in Via di Sviluppo.

4) Un gruppo di volontari con il compito del reperimento di fondi per l'autofinanziamento dell'Associazione.Attraverso gli anni, l'esperienza ha permesso di migliorare la collaborazione tra le varie professionalità presenti in seno all'Associazione, che si è poi estrinsecata nella progettazione (dalla fase di ideazione fino a quella della realizzazione) dei vari programmi di sviluppo in campo sociale, agricolo, produttivo, sanitario, che sono stati svolti e che sono attualmente in fase di studio, tutti concentrati nel dipartimento di Chimaltenango.

La necessità di trovare una controparte in loco cui affidare la gestione delle opere realizzate, spinse Suor Marcella e alcuni cittadini del Guatemala (tra cui medici, avvocati, uomini di Chiesa e vari altri professionisti e lavoratori) a fondare l'associazione "PROGRAMA ESPERANZA", costituendo il primo gruppo di collaboratori locali dell'Associazione Mani Amiche cui in seguito saranno affidati per la gestione, tutti i suoi progetti. Tale associazione fu legalizzata in Città del Guatemala il 17 aprile 1991.

Dal novembre '94 la nuova controparte locale è la Diocesi di Sololà.